基因組中通(tōng)常存在一些不明(míng)原因的(de)複雜(zá)結構，如回文序列和(hé)發夾結構等，這(zhè)些結構的(de)存在會導緻信号的(de)突然減弱或中斷；另一種情況是DNA堿基排列并沒有異常，而是DNA整體出現複雜(zá)的(de)結構，這(zhè)樣将導緻測序根本無法進行。