菌種鑒定需提取基因組DNA,利用(yòng)PCR擴增特定rDNA片段,在GeneBank上進行序列比對(duì),一般序列相似度在97%以上就可(kě)以認爲是同種菌。箭速基因擁有微生物(wù)菌種分(fēn)類鑒定的(de)分(fēn)子生物(wù)學實驗室,配有PCR儀、高(gāo)速冷(lěng)凍離心機、電泳儀、HPLC、凝膠成像系統、紫外控溫分(fēn)析系統等先進儀器設備,采用(yòng)序列分(fēn)析法,方便、快(kuài)捷地完成各種細菌的(de)分(fēn)子生物(wù)學鑒定幫助您獲得(de)真實、可(kě)信的(de)結果。
樣本類型
1.樣品形式要求:帶有單一菌種的(de)單菌落培養平闆或斜面(比例占試管1/2以上,但不要超過3/4)、無明(míng)顯降解的(de)基因組DNA(濃度不低于10 ng/μl,總體積至少大(dà)于20μl)。
2.對(duì)于細胞壁較厚的(de)革蘭氏陽性細菌,常規方法難以破壞細胞壁,建議(yì)您提供基因組DNA(用(yòng)乙醇沉澱法去除PCR抑制物(wù))。
3.厭氧菌、放線菌等特别菌株請在服務開展前與技術支持進行溝通(tōng)。
4.爲保證實驗順利進行,建議(yì)樣本低溫運輸。
一、細菌菌種鑒定
細菌的(de)rRNA有5S、16S和(hé)23S三種。其中16S rRNA分(fēn)子量約1500bp,所代表的(de)細菌信息量适中,适合進行分(fēn)類研究。
服務内容
1、細菌16S rDNA部分(fēn)序列解析
擴增細菌16S rRNA的(de)全長(cháng)序列,隻使用(yòng)Seq forward進行一個(gè)測序反應(有效序列500~600 bp),即可(kě)得(de)到含有部分(fēn)種屬特異性的(de)16S信息,是一種較爲經濟便捷的(de)鑒定方法。
2、細菌16S rDNA全序列解析
擴增細菌16S rRNA的(de)全長(cháng)序列,長(cháng)度約1400 bp~1500 bp,進行三個(gè)測序反應,測得(de)全長(cháng)序列,即較爲全面的(de)種屬特異性信息。
價格及周期
交付内容
1、PDF版實驗報告
2、測序彩色波形圖
3、序列堿基圖
4、NCBI比對(duì)結果
二、真菌26S rDNA D1/D2區(qū)序列解析
真菌基因組中編碼核糖體RNA的(de)基因有四種:26S rDNA、5S rDNA、18S rDNA和(hé)5.8S rDNA.真菌大(dà)亞基上的(de)26S rDNA 可(kě)分(fēn)爲D1、D2…D12等多(duō)個(gè)區(qū)域,其中D1/D2區(qū)域序列長(cháng)度适中,适合于真菌鑒定。
服務内容
1、真菌26S rDNA D1/D2區(qū)序列解析。
擴增真菌26S rDNA D1/D2區(qū)片段,長(cháng)度約500~600 bp,隻需進行一個(gè)測序反應,即可(kě)得(de)到26S rDNA D1/D2區(qū)序列信息。該方法特别适合酵母菌的(de)鑒定。
2、真菌ITS全列序列解析。
PCR擴增真菌ITS區(qū)片段,長(cháng)度約300~1,000 bp,依據PCR擴增片段的(de)長(cháng)度,進行一個(gè)至兩個(gè)測序反應,即可(kě)得(de)到ITS區(qū)全序列信息。對(duì)于一些真菌,26S rDNA D1/D2區(qū)或ITS區(qū)結構複雜(zá),進行一個(gè)方向的(de)測序可(kě)能不能得(de)到全序列,這(zhè)時(shí)需同時(shí)進行反方向的(de)序列測定。
價格及周期
交付内容:
1、PDF版實驗報告
2、測序彩色波形圖
3、序列堿基圖
4、NCBI比對(duì)結果
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