PCR反應過程中會出現錯配現象，這(zhè)些錯配分(fēn)布在PCR産物(wù)的(de)不同位置，所以我們得(de)到的(de)PCR産物(wù)是許多(duō)攜帶不同位置錯配片段的(de)混合物(wù)。PCR産物(wù)直接進行測序，如果在同一堿基處出現多(duō)次錯配現象，但絕大(dà)多(duō)數片段在該位置上的(de)堿基還(hái)是正确的(de)，所以錯配堿基會由于信号較弱而被覆蓋，正确堿基被讀取 。因此，用(yòng)PCR産物(wù)直接進行測序，其結果可(kě)以間接反映原始模闆信息。而PCR産物(wù)經克隆後測序是分(fēn)析了(le)單一片段的(de)堿基序列。在PCR擴增過程中，每一個(gè)DNA片段都可(kě)能發生堿基錯配現象。所以，PCR産物(wù)克隆過程中可(kě)能連入錯配片段，其測序結果和(hé)PCR産物(wù)直接測序的(de)結果不完全一緻。